این مسجد که در تواریخ یزد به نام مسجد جامع نو نیز خوانده شده و در دوره صفوی به «چقماقیه» معروف بوده نتیجه همت بلند امیر جلال الدین چقماق شامی و همسر او ستی فاطمه خاتون است. این مسجد در سال 841 به اتمام رسید بدون تردید از حیث زیبایی و وسعت و اهمیت مسجدی است که از حیث مرتبه و اعتبار بعد از مسجد جامع شهر قرار می‌گیرد. 

این اثر در تاریخ ۱۵ آذر ۱۳۱۴ با شمارهٔ ثبت ۲۴۷ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. این مسجد در ضلع جنوبی میدان امیرچخماق قرار دراد و در کریاس (ساختمان جلوی درب وروردی) مسجد که به میدان باز می‌شود، سنگی نصب گردیده که بر آن متن وقفنامه‌ای به خط نسخ نقر شده‌است.

در طرف راهروی شمالی که از درب کریاس به صحن وارد می‌شود، شبکه‌هایی ظریف از کاشی‌های معرق در پنجره‌ها نصب شده‌اند. قسمتی از سردر صفحه ایوان کاشیکاری معرق شده‌است و جرزهای آن آجری رنگ می‌باشد. دور خارجی گنبد و بر کمربند آن عبارت «السلطان ظل الله....» به کوفی بنایی تکرارشده‌است.

محراب صحنه اصلی از کاشی معرق است با ساختمانی مقرنسکاری که در وسط آن سنگ مرمر بسیار خوشتراشی به اندازه ۱/۱۵* ۳/۳۸ متر نصب شده‌است و در وسط مقرنس کاری یک گل مربع به اندازه ۵۴* ۹۵ سانتیمتر نصب است و در دست چپ ایران، یک سنگ مرمر به اندازه ۲۸*۳۰ سانتیمتر نصب شده‌است. سر در شرقی مسجد دارای کتیبه ای از کاشی معرق به خط ثلث محمد الحکیم است. گنبد مسجد خمیده و ترکدار است با کاشی سبز رنگ کاشی شده و پیرامون آن نیز کتیبه‌ای به خط کوفی قرار دارد. در زمان فتحعلی شاه قاجار حاجی حسین عطار قسمتی بر شبستان مسجد افزود و قسمت‌هایی از مسجد را نیز تعمیر نموده است.