مسجد جامع نایین با الگوبرداری از مسجد پیامبر در مدینه ساخته شده‌است. حیاط بزرگی در میان دارد و پیرامون آن را شبستان‌های ستوندار گرفته‌است. دهانه میانی روبه قبله و دهانه روبروی آن که ورودی مسجد است پهن تر و گشادتر از دهانه‌های دیگر است. مسجد جامع نائین دارای شبستان ستوندار است و بخشی از آن از مسجدهای بومسلمی گرفته شده‌است. مسجد نائین به شیوه خراسانی ساخته شده‌است، در زمان آل بویه و آل کاکویه بخش‌هایی به آن افزوده شد. بخش شبستان جنوبی قدیمی ترین قسمت آن بود که در شیوه معماری رازی دگرگون شد. نما در شیوهٔ رازی ساخته شد ولی خصوصیات شیوه خراسانی را داراست. این تغییرات شامل تغییر طاق مازه دار به تیزه دار است و این مسجد اولین مسجدی است که در آن طاق مازه داز به تیزه دار تبدیل شد. نیم طیقه دوم شبستان جنوبی که بخش زنانه مسجد است در قرن هشتم به آن افزوده شده‌است. نیم طاق‌ها و و ستون‌های شبستان از شیوه رازی هستند، روی ستون‌ها گچبری زیبا کار شده‌است و آمیزه‌ای از چهره نگاری یافت می‌شود. در مسجد جامع نائین دو نوع کتیبه وجود دارد که یکی از آنها گچبری است و دومی با رنگ روی گچ ترسیم شده‌است. کتیبه‌هایی که با رنگ ترسیم شده متعلق به قرن پنجم هجری و به خط کوفی و کلاً بر روی سردر ورودی مسجد از داخل می‌باشد.