این کلیسا از بناهای مذهبی متعلق به ارامنه بوده که در جنوب ماکو و 20 کیلومتری شمال شرقی چالدران در کنار روستایی به همین نام واقع شده است. قره در زبان آذری به معنای سیاه است و وجه تسمیه این نام سیاه بودن قسمتی از کلیسا است. ظاهراً ساختمان اصلی کلیسا تماماً از سنگ های سیاه ساخته شده که پس از بازسازی قسمتی از سنگ ها به وسیله سنگ های سفید جایگزین شده است. به احتمال زیاد این عمل به صورت عمدی انجام شده تا آیندگان از شکل و ظاهر اولیه کلیسا مطلع باشند. این کلیسا در دوره­های مختلف ویران و مجددا بازسازی شده است. در سال 1230 میلادی (616 هجری) هنگام حمله چنگیز، قسمت بزرگی از این کلیسا ویران شد، ولی در زمان اقامت هلاکوخان مغول در آذربایجان، خواجه نصیرالدین طوسی به مرمت آن همت گماشت. این کلیسا یک بار نیز در زلزله ای که در سال 1319 میلادی اتفاق افتاد، ویران شد و بنا بر روایت آندرانیک هویان، سندی درباره تعمیر آن به وسیله زکریای قدیس در سال 1329 در دست است. این کلیسا در سال 1691 میلادی با سنگهای سیاه، در سال 1810 به وسیله اسقف ماکو، بنام سیمون بزنونی با نصب سنگ های سفید و در زمان قاجار به وسیله عباس میرزا تعمیر شد. قره کلیسا دارای ویژگی خاص معماری ارمنی بوده و ازنظر حجم و تکنیک یکی از با ارزش ترین آثار تاریخی کشور محسوب می شود. این بنا از اشتهار جهانی برخوردار بوده و بسیاری از ارامنه داخل و خارج کشور برای انجام مراسم مذهبی به این کلیسا می آیند. تاریخچه احداث این کلیسا به زمانی که تادئوس یا طاطائوس (طاطاوس) یکی از حواریون مسیح در سال چهل میلادی به ارمنستان آمده و به تبلیغ مسیحیت پرداخت بازمی گردد که در این بین گروه زیادی به آیین مسیح روی آوردند که ازآن جمله ساناتروک پادشاه ارمنستان و دخترش ساندخت بود. ولی سلطان کمی بعد پشیمان شد و به مخالفت با آیین جدید پرداخت و دستور داد تا تادئوس، ساندخت (دخترش) و گروهی دیگر که به مسیحیت گرویده بودند (حدود 3500 نفر) را به قتل برسانند. در سال 302 میلادی، زمان پادشاهی تیرداد از پادشاهان ارمنستان، مسیحیت در این کشور دین رسمی و همگانی شد. مسیحیان ارمنی که خاطره شهادت تادئوس و ساندخت را نسل به نسل حفظ کرده بودند در محل فرار آنان کلیساهایی بنا کردند که قره کلیسا یکی از آنهاست. بنابرعقیده ارامنه کلیسای طاطائوس اولین کلیسایی است که به دستور مبشرین و حواریون مسیح در دنیا ساخته شده است و چون از نظر مذهبی، شهادت را بزرگترین سعادت برای بشر میدانند، هر سال در روزهای آخر تیرماه و هفته اول مرداد ماه که مصادف با قتل تادی مقدس و پیروان مسیحی او است در قره کلیسا مراسم خاصی بر پا میدارند.به هر روی این کلیسا امروزه به مناسبت جشنی سالانه، تابستان ها میعادگاه ارمنیان ایران و حتی کشورهای همسایه است. در هفته اول مرداد ماه، ارمنیان از شهرهای تبریز، ارومیه، تهران، اصفهان، قزوین و... به صورت گروهی و خانوادگی به قره کلیسا می آیند. افزون بر ارمنیان، خانواده هایی از آشوریان و به ندرت خانواده های کاتولیک هم دراین جشن شرکت می کنند. یکی از آداب پسندیده در طول زیارت سه روزه، آیین های غسل تعمید کودکان و نوجوانان ارمنی در این کلیسا است. زیرا عده ای براین عقیده اند که تعمید کودکانشان در نخستین کلیسای حضرت مسیح و محل شهادت حواری آن حضرت، همراه با خیر و برکت است. گروهی نیز فرزندانشان را با نذر و نیت در آنجا غسل تعمید می دهند و به همین خاطر سن غسل تعمید گیرندگان گاه به ۱۵ و ۲۰ سال هم می رسد. از طرف خلیفه گری ارامنه، در روزهای جشن چادرهایی در اطراف کلیسا نصب شده که دراختیار مسافران قرار داده می شود. علاوه بر آن؛ گروه زیادی از مسافران با خود چادرهای مسافرتی حمل می کنند تا با مشکل اقامت رو به رو نشوند.جشن قره کلیسا برای ارمنیان، مجموعه ای از انگیزه های اعتقادی، قومی، سنتی، خانوادگی، عاطفی، تفریحی و همچنین مسافرت و استفاده از آب و هوای ییلاقی و دیدار دوستان و آشنایاناست. در این سه روز آیین دعای کلیسا در روزهای اول و دوم مرداد صبح و عصر برگزارمی شود، ولی در روز سوم، تنها یک بار و با آیین ویژه عید به وسیله اسقف اعظم که ازتهران می آید و اسقف تبریز اجرا می شود. شرکت در آیین های کلیسا در روزهای جشن اجباری نیست و دیده شده است که برخی افراد هیچ گاه در این مراسم شرکت نمی کنند. در دو کیلومتری شمال غرب کلیسا، بر بلندایی، نمازخانه ای وجود دارد که طبق گفته ها محل شهادت ساندوخت، اولین شهیده مسیحی است که قدمت آن هم به قدمت قره کلیسا میباشد. این کلیسا در انتهای جاده ای قرار دارد که صرفا برای این کلیسا و یک روستای کوچک ساخته شده است.