سید امیر توکلی در زمستان 1353 در تهران متولد شد.

• دوران ابتدایی

از کودکی علاقه خود را به طبیعت با تهیه یک مجموعه از حشرات و حیوانات کوچک نشان داد و از سفرهایی که در آن دوران داشت سنگ‌های رنگارنگ و خوش طرح و نقش را از مناطق مختلف جمع‌آوری می‌کرد. پدرش اولین معلم و راهنمای او در طبیعت و اصلی‌ترین مشوقش در تهیه مجموعه‌هایش بود.

• دوران دبیرستان

علاقه او به زمین و شناخت عوارض آن، در ابتدا با مطالعه درس جغرافیا در دوران تحصیلش در مدرسه آغاز شد. پس از آن وقتی در دوران دبیرستان با درس زمین شناسی آشنا شد، گمشده خود را در آن یافت و علاقه خود را برای تحصیل در این رشته بروز داد.

• دوران کارشناسی

در سال 1371 پس از دریافت دیپلم، در رشته زمین‌شناسی در دانشگاه پذیرفته شد. طی سال‌های تحصیل در مقطع کارشناسی، از محضر اساتیدی همچون دکتر علی آقانباتی، دکتر علی میثمی، دکتر ابراهیم امین سبحانی، دکتر سیروس زرعیان، دکتر علی درویش زاده و بسیاری از اساتید بنام در این رشته بهره جست و به همراه اساتید خود به مناطق مختلف سفر کرد و با زمین شناسی در ایران آشنا شد. در همان دوران علاوه بر سفرهایی که به همراه اساتید خود داشت با ایجاد یک گروه از دوستان خود اقدام به سفر زمین شناسی و مشاهده بسیاری از پدیده‌ها و مناطق شاخص ایران کرد.

پس از فارغ‌التحصیلی در مقطع کارشناسی در سال 1375، شغل خود را در رشته زمین‌شناسی و پردازش تصاویر ماهواره‌ای و همین‌طور مطالعات ژئومورفولوژی سواحل جنوبی ایران و جزایر ایرانی خلیج‌فارس آغاز کرد و طی این سال‌ها سفرهایی به جزایر و سواحل ایران از خلیج گواتر تا دهانه اروند رود داشت. در سال 1379 با پیگیری‌های متوالی و راهنمایی اساتید خود موفق به تهیه اولین نمودار چینه‌شناسی ایران شد که این نمودار طی این سال‌ها به عنوان یکی از مهمترین منابع دانشجویان جهت مطالعه و یادگیری چینه‌شناسی ایران بوده است.

• دوران کارشناسی ارشد

پس از آن با قبولی در دانشگاه در مقطع کارشناسی ارشد در پژوهشکده سازمان زمین‌شناسی کشور در سال 1380، مسیر جدیدی پیش رویش گشوده شد و با فعالیت در عرصه اکتشاف معدنی، مسئول پروژه اکتشاف در پروژه‌های مختلف در استان‌های اردبیل، مرکزی، خراسان جنوبی، کردستان و کرمان شد. در سال 1384 نیز با ورود به شرکت‌های فعال در صنعت نفت، با جنبه دیگری از رشته زمین شناسی آشنا شد و در مناطق مختلف ایران به عنوان زمین شناس به فعالیت علمی خود ادامه داد.

از سال 1382، آموزش زمین شناسی را برای راهنمایان طبیعت‌گردی آغاز کرد و تمام تلاش خود را برای تغییر در محتوای درسی و بهینه کردن مطالب زمین‌شناسی برای علاقه‌مندان به این رشته کرد و با این هدف اولین کتاب آموزش زمین شناسی برای راهنمایان طبیعت‌گردی را با همکاری موسسه اکوتور ایران، در سال 1386 تألیف کرد و در دوره‌های کوتاه مدت گردشگری موسسات مختلفی چون ارسباران مشغول به تدریس تنوع زمین شناسی دوره‌های راهنمای تور طبیعت‌گردی شد. با توجه به اینکه اغلب کتاب‌های موجود در حوزه زمین شناسی دارای مفاهیم پیچیده هستند و مطالعه آن‌ها برای افرادی که با این علم آشنایی ندارند سخت و دشوار است، ایشان اقدام به تألیف کتابی تحت عنوان تنوع زمین شناختی ایران نمودند که اولین کتاب موجود در ایران برای معرفی پدیده‌های زمین شناسی به علاقه‌مندان است.